《沙漏》的故事延续了《风之杖》的结局；林克和泰特拉的海贼团继续在广袤的大海上冒险，而这一次他们来到了一片由海王掌管的海域。一艘笼罩在迷雾中的幽灵船出现在众人面前，泰特拉只身登船调查结果遭遇不测；而同样想要上船营救泰特拉的林克却不慎坠入了海中，和伙伴们分开。林克漂流到了梅卢卡岛，他能感受到泰特拉对他的呼唤；为了找到幽灵船，救出泰特拉，林克踏上了全新的旅途。在西文爷爷，精灵雪拉和水手莱茵巴克的帮助下，林克一路上一边借着“幻影沙漏”的力量，在海王神殿中寻找大海海图，一边在各个岛屿上寻找侍奉海王的三只精灵，在它们的帮助下感知幽灵船的具体位置。经过一番历险，林克成功找到了三只精灵，更是得知雪拉就是第三只精灵的一部分；在他们的帮助下，林克终于找到了迷雾之中的幽灵船。然而船上的景象并不是美好的。泰特拉定在船舱深处，已经变成了一具石像。西文爷爷也在船上现身，告诉众人他本人就是海王，而让泰特拉变成石像的始作俑者，是他的死敌魔王贝拉姆；而为了和贝拉姆对抗，必须有一把梦幻的宝剑。为此，林克继续在海王神殿中寻找海图，在剩下的海域中寻找三块珍稀的金属，以及守护它们的族人。功夫不负有心人，经过一番艰苦的旅程，林克终于找齐了三块金属。林克把金属交给锻造师萨伍兹，他用它们打造出了梦幻的剑刃来。剑刃大成，西文爷爷更是让其和幻影沙漏融合，成为了能和魔王抗衡的梦幻之剑。林克深入到海王神殿的最底层，和魔王贝拉姆展开了惊世骇俗的一战，精灵雪拉也回忆起了它的能力——让时间停止。林克在精灵雪拉的帮助下，用梦幻之剑停止时间来攻击贝拉姆，最终战胜。泰特拉的石化被解除，林克与泰特拉深情对望，一切似乎都结束了；然而贝拉姆并未死去，它用触手抓走了泰特拉，并附身在巨大的幽灵船上威胁众人。林克用莱茵巴克船上的大炮和幽灵船对轰，在海上一阵激烈交锋，幽灵船终于被炸毁。林克爬上幽灵船的夹板，可没想到贝拉姆竟然还活着；它把莱茵巴克的船打沉，并且附身在了莱茵巴克本人的身上。没有办法，林克和雪拉配合着停止时间，终于把它也彻底击败。西文爷爷恢复了海王的原形，他和众精灵感谢林克等人的帮助，并送众人回到了“自己的世界”。林克，泰特拉苏醒过来，发现他们躺在完整的幽灵船的甲板上；泰特拉的海贼船也在旁边。泰特拉和海贼团的众人讲述这段经历，可他们却根本不相信，说从泰特拉上幽灵船到现在才过了十分钟而已——而幽灵船也在众人讨论之际消失不见了。众人都在怀疑自己眼睛的时候，林克却在自己身上找到了一个空空的沙漏，还在遥远的海上看到了莱茵巴克的船，共同证明着这个传说的真实。《沙漏》的情节相当耐人寻味，中间也有数处感人之景。林克和泰特拉，林克和雪拉，莱茵巴克和朱莉安的感情的羁绊，给游戏增加了不少情趣；而莱茵巴克从最初一个贪财的胆小鬼的形象到最后为了救林克而被怪物附身，这个转变也让人感到感动。在故事中，海王曾经对莱茵巴克保证，如果他帮助林克冒险就满足他一个愿望；而在最后许愿的时候，莱茵巴克竟然没有要他一直梦想的财宝，而是决定要回他那艘被毁坏的船，人物形象塑造地非常鲜明。整个故事的剧本也不同于以往作品的线性。游戏从起初就铺垫了“西文爷爷是海王”，“雪拉是第三只精灵”的两个伏笔，在故事中期揭开，比起《风之杖》的情节有过之而不及；这也是塞尔达传说以往作品所没有的套路，在整个系列都算是一个有声有色的好故事。